Die Beschwerden der Mastozytose werden durch Stoffe ausgelöst, die von den Mastzellen ausgeschüttet werden. Dieses ist vor allem das Histamin, das auch bei allergischen Reaktionen eine wichtige Rolle spielt. So treten bei kutaner Mastozytose vor allem Hautsymptome auf. Bei systemischer Mastozytose sind die Beschwerden häufig durch den Befall der betroffenen Organe verursacht. Systemische Beschwerden können jedoch auch bei Patienten mit ausschließlichem Hautbefall auftreten. Folgende Symptome kommen vor:

• an der Haut: Hautveränderungen, Anschwellungen, Juckreiz, plötzliche Rötung (Flush) und Hitzegefühl
• im Verdauungstrakt: Bauchschmerzen, Durchfall, Übelkeit, Erbrechen, Sodbrennen und Magengeschwüre
• am Herz-Kreislaufsystem: Abgeschlagenheit, Schwächegefühl, schneller/klopfender Herzschlag ohne Belastung oder sogar anfallsartiger Blutdruckabfall und Anaphylaxie (Schock)
• an den Knochen: Knochen- oder Muskelschmerzen
• am zentralen Nervensystem: Kopfschmerzen, übermäßige Müdigkeit (Fatigue)